보세사는 관세법시행령과 관세청장이 정하는 보세화물관리를 수행하여야 하는데 그에 대한 직무내용은 다음과 같습니다.
(관세법시행령 제185제1항, 보세사제도 운영에 관한 고시 제12조)

- 보세화물 및 내국물품의 반입 또는 반출에 대한 입회 및 확인
- 보세구역안에 장치된 물품의 관리 및 취급에 대한 입회 및 확인
- 보세구역출입문의 개폐 및 열쇠관리의 감독
- 보세구역의 출입자관리에 대한 감독
- 견품의 반출 및 회수
- 기타 보세화물의 관리를 위하여 필요한 업무로서 관세청장이 정하는 업무
- 보수작업과 화주의 수입신고전 장치물품확인시 입회·감독
- 세관봉인대의 시봉 및 관리
- 환적화물 컨테이너 적출입시 입회·감독
- 보세사제도 운영에 관한 고시에서 규정한 각종 대장등 비치대장 작성과 확인